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【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 생물정보학 분석 목차 추천글 : 【생물학】 생물정보학, 【알고리즘】 알고리즘 목차최근 수정 내역VCF 파일 (24.10.31)spatial clustering algorithm (24.10.24)시퀀싱 데이터의 phasing (24.10.24)4년간 생물정보학 현업에 재직해 왔던 경험을 바탕으로 작성한 글입니다.   Ⅰ. 배경이론생물정보학Kaplan-Meier 생존 곡선  Ⅱ. 사전 준비통계학알고리즘빅데이터분석기사컴퓨터과학C 목차 C++ 목차Java 목차Python 목차RStudio 목차리눅스 서버윈도우 서버 NASMinIO 도커(docker)  Ⅲ. 데이터 획득 및 가공FASTQ, FASTA, GTF, GFF, BAM, SAM 파일 이해하기RNA 시퀀싱 quality control (QC)HDF 파일과..
【생물정보학】 후성유전학 라이브러리 후성유전학 라이브러리(epigenetics library) 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 1. 히스톤 수식 [본문]2. CNV [본문]a. 후성유전체 시퀀싱  1. 히스톤 수식 [목차]○ H3K4me3○ 히스톤 단백질의 4번째 라이신(K) 잔기에 세 개의 메틸기(me3)가 붙은 변형○ 유전자의 전사를 활성화○ 특히 뇌에서는 그 빈도가 H3K27ac와 양의 상관, H3K27me3와 음의 상관관계를 보여줌○ 예 1. Gpr88은 striatum에서 H3K4me3 변형이 많이 관찰 → 발현 증가 ○ H3K27ac○ 히스톤 단백질의 H3의 27번째 라이신(K) 잔기에 아세틸기(ac)가 붙은 변형 ○ 유전자의 전사를 활성화○ 특히 뇌에서는 그 빈도가 H3K4me3와 양의 상관, H3K27me3와 ..
【생물정보학】 전사체 분석 파이프라인(Transcriptomics Pipeline) 전사체 분석 파이프라인(Transcriptomics Pipeline) 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차1. QC 1. 조직 QC [본문]2. QC 2. 데이터 QC [본문]3. QC 3. filtering [본문]4. QC 4. alignment [본문]5. QC 5. 정규화 [본문]6. QC 6. 배치효과 [본문]7. 공통 1. 클러스터링 [본문]8. 공통 2. DEG 분석 [본문]9. 공통 3. 유전자 집단 분석 [본문]10. 공통 4. 유전자 상호작용 분석 [본문]11. 공통 5. 셀 타입 분석 [본문]12. 심화 1. AS 분석 [본문]13. 심화 2. 경로 분석 [본문]14. 심화 3. 후성유전체 분석 [본문]15. 심화 4. 특수전사체 분석 [본문]16. 심화 5. 데이터베이스 활..
【생물정보학】 생물 라이브러리 생물 라이브러리(Organism Library) 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 응용미생물 주요 미생물의 예 세포주 라이브러리 모델 생물 라이브러리 생물도감 화생방 생물학 무기 입력: 2023.12.11 14:20
【생물정보학】 HDF 파일과 filtered_feature_bc_matrix.h5 HDF 파일과 filtered_feature_bc_matrix.h5 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 1. HDF 파일 [본문]2. filtered_feature_bc_matrix.h5 [본문] 1. HDF 파일(hierarchical data format files) [목차]⑴ 개요① 대용량 파일을 용량 제한 없이 쉽고 빠르게 입출력하기 위해 사용됨 ② environment와 무관하게 파일 교환되는 방식 중 하나 ③ aerospace, physics, engineering, finance, academic research, genomics, astronomy, electronics, medicine 등에서 사용④ HDF4 파일 (.h4)과 HDF5 파일 (.h5)이 많이 쓰임⑵ Python..
【생물정보학】 FASTQ, FASTA, GTF, GFF, BAM, SAM, Loom, VCF 파일 이해하기 FASTQ, FASTA, GTF, GFF, BAM, SAM, Loom 파일 이해하기 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차1. FASTQ 파일 [본문]2. FASTA 파일 [본문]3. GTF 파일 [본문]4. GFF 파일 [본문]5. BAM 파일 [본문]6. SAM 파일 [본문]7. Loom 파일 [본문]8. VCF 파일 [본문]9. 기타 파일 [본문] 1. FASTQ(fast-Q) [목차] @SEQ_IDGATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT+!''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65 ⑴ 샘플의 시퀀스 정보를 저장 ⑵ 첫 번째 행 : SEQ_ID, 즉 @ + 시퀀..
【생물정보학】 셀 타입 마커 유전자 셀 타입 마커 유전자(cell type marker genes) 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 1. 개요 [본문]2. 유형 1. 상피세포 [본문]3. 유형 2. 내피세포 [본문]4. 유형 3. 면역세포 [본문]5. 유형 4. 기질세포 [본문]5. 유형 5. 기타 [본문]a. 유전자 라이브러리b. 유전자 스코어 라이브러리 c. 리간드-수용체 상호작용 데이터베이스  1. 개요 [목차]⑴ 인간의 몸은 400 종류 이상의 세포로 구성 ⑵ 유전자를 지칭할 때는 이탤릭체로 표현하고, 유전자의 단백질 산물을 표현할 때에는 정자체로 표현함① 단, 여기에서는 정자체로 통일하기로 함⑶ Homo sapiens (human)① 유전자는 전부 대문자 ② GRCh38 레퍼런스 기준 36601개 (ENSG)  ⑷ ..
【생물정보학】 RNA 시퀀싱 quality control (QC) RNA 시퀀싱 quality control (QC) 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차1. 조직 QC [본문]2. 데이터 QC [본문]3. 트러블슈팅 [본문]a. 게놈 프로젝트와 시퀀싱 기술 b. 전사체 분석 파이프라인 1. 조직 QC(quality control) [목차]⑴ 정의 : 조직의 품질을 평가하는 척도 ⑵ 종류 1. RIN (RNA integrity number)① Agilent 2100 Bioanalyzer에 의해 측정됨② RIN = 10 : 온전한 RNA③ RIN = 1 : 완전히 degradation이 된 RNA④ RIN > 7 : 일반적으로 RNA-seq을 하기 적합한 퀄리티 수준⑶ 종류 2. DV200 : FFPE 조직의 경우 RNA가 끊어져 있어서, 200 nt 정도 되는..

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